Kauno termofikacijos elektrinę nuspręsta statyti 1968 m. Poreikis tokios galios elektrinei išliko tuomet, kai pradėjo spračiai plėstis Kauno pramonė ir gyvenamieji rajonai. Tuo metu jau veikusioje Petrašiūnų elektrinėje pagaminamos šilumos energijos neužteko augančio miesto poreikiams patenkinti.

1971 m. pradėti Kauno termofikacinės elektrinės statybos darbai.

1972 m. pastačius vandens šildymo katilinę, technologinių vamzdynų estakadas, dujotiekį, Valstybinė komisija leido eksploatuoti pirmąjį vandens šildymo katilą, kuriame pagaminta šilumos energija buvo tiekiama Kauno miestui.

1973 m. pradėtas statyti elektrinės pagrindinis korpusas ir 150 m aukščio gelžbetoninis kaminas. Tais pačiais metais pradėtas eksploatuoti antrasis vandens šildymo katilas ir mazuto ūkis.

1975 m. baigti pagrindinio korpuso statybos darbai, sumontuotas pirmasis energetinis blokas ir pradėta gaminti elektros energija.

1976 m. į elektroenergetinę sistemą įjungtas antrasis (100 MW galios) agregatas ir pasiekta elektrinės projekte numatyta 160 MW galia.

1984 m. pradėtas eksploatuoti trečiasis garo katilas.

1988 m. baigtas statyti antrasis 180 m aukščio elektrinės kaminas. Tuo metu Kauno termofikacinė elektrinė pagamino daugiausia elektros energijos (892 tūkst.MWh) per visą elektrinės eksploatavimo laikotarpį.

1994 m. Kauno termofikacinėje elektrinėje prasidėjo permainos. Elektrinėje įrengta kompiuterinė informacinė valdymo sistema, suteikianti galimybę stebėti techninius parametrus ir atlikti įvairias elektrinės darbo režimų analizes.

1995 m. VĮ „Lietuvos valstybinė energetikos sistema“ reorganizuota į specialiosios paskirties akcinę bendrovę (SPAB) „Lietuvos energija“, o jos filialas „Kauno termofikacinė elektrinė” pervadintas filialu „Kauno elektrinė”.

1997 m. reorganizavus SPAB „Lietuvos energija“ ir šilumos ūkį bei jo valdymą perdavus savivaldybėms, Kauno elektrinė tapo SPAB „Kauno energija“ filialu.

2003 m. Kauno elektrinės savininku tapo UAB Kauno termofikacijos elektrinė.

2012 m. kontrolinį KTE akcijų paketą įsigijo UAB „Clement Power Venture“